Beogradska otvorena škola je 2015. godine potpisala trogodišnji sporazum o partnerstvu sa Izvršnom agencijom za obrazovanje, audio-vizuelnu i kulturnu politiku Evropske komisije (Education, Audiovisual and Culture Exectuvie Agency, European Commission) u okviru programa Evropske unije „Evropa za građane i građanke“. Uspostavljena saradnja omogućava BOŠ-u institucionalnu podršku od strane Evropske komisije za razvijanje unutrašnjih kapaciteta i unapređenje rada i delovanja u strateškim oblastima BOŠ-a, a koje su istovremeno u skladu sa oblastima koje promoviše program „Evropa za građane i građanke“ i njegovim ciljevima. Osnovni cilj podrške je osnaživanje demokratskog i građanskog učešća na nivou Evropske unije kroz unapređenje znanja građana o procesu kreiranja politika i donošenja odluka i promociju mogućnosti društvenog i interkulturalnog angažmana i volontriranja na nivou EU. Samim tim, oblasti delovanja BOŠ-a, koje su uključene u program podrške, su evropske integracije, reforma javne uprave, obrazovanje i omladinska politika i zapošljivost mladih. Institucionalna podrška je usmerena, prvenstveno, ka jačanju istraživačkih kapaciteta BOŠ-a za kvalitetan i na činjenicama zasnovan razvoj javnih politika u navedenim strateškim oblastima i zagovaračkih kapaciteta za njihovu primenu.
I u 2016. godini, okosnica institucionalne podrške nastavlja da bude proces evropskih integracija i učešće građana u njemu, odnosno BOŠ inicijativa "Progovori o pregovorima". BOŠ je, uz pomoć podrške, uspostavio regionalnu dimenziju u radu inicijative, učinivši da rezultati sprovedenih aktivnosti mogu biti korišćeni u svim državama Zapadnog Balkana u različitim fazama procesa evropskih integracija. Na ovaj način su napori BOŠ-a da kroz inicijativu promoviše odgovorno, transparentno i inkluzivno vođenje procesa pristupnih pregovora Srbije sa Evropskom unijom učinjeni prepoznatljivim van granica Srbije. Kao rezultat, otvoren je prostor u narednom periodu za razvijanje jedinstvenog regionalnog pristupa civilnog društva procesu evropskih integracija čitavog regiona i BOŠ-u omogućava uspostavljanje i unapređivanje regionalnih partnerstava za rad na ovoj temi.
Kreirani godišnji radni program BOŠ-a u 2016. godini se sastoji iz četiri radna paketa koji obuhvataju: inicijativu "Građani u akciji" koja se sastoji iz jake istraživačke i zagovaračke komponente na lokalnom nivou; zatim razvoj istraživanja javnih politika u oblastima evropskih integracija, reforme javne uprave i zapošljivosti mladih; bolju integraciju portala "Progovori o pregovorima", mesečnog biltena "Progovori o pregovorima", Android aplikacije "Evropa za poneti" i portala "BOŠ Karijera" i "Mingl" oko BOŠ sajta, sa ciljem unapređenja pristupa i boljeg korišćenja sadržaja jedinstvene E(U) Laboratoriju za građansko učešće koju čine svi navedeni portali i e-alati BOŠ-a; i organizaciju godišnje regionalne konferencije "Move.Link.Engage" u Beogradu.